神社被排除在政府对受疫情影响苦于资金周转的个体户及中小企业发放的持续化补贴对象之外，神社本厅考虑到这点采取了措施。
据神社本厅总务部称，援助方法有两种。一是关于根据各神社人员规模和参观人数而收取的全年负担金，把2020年7月到2021年6月的部分最多减少三成。
二是把向地震和水灾中受灾的神社提供无利息上限3000万日元（约合人民币192万元）贷款的该厅制度适用于新冠疫情，据悉计划到2023年6月底为止受理申请。
援助的预算总额没有公布，资本金将利用防备大规模灾害的神社本厅的基金。上述两种支援措施可以并用。
今年因疫情蔓延参观者较往年减少，据悉本厅从春天前后起就接到部分神社诉苦称，“每月的香火钱及祈祷费几乎为零”。
山阴地区某神社3月到10月的参观人数较去年同期约减少九成，香火钱等也大大减少。宫司称“老实说已陷入资金困难，要能得到援助非常感谢”，考虑向本厅申请。
另一方面，6月金刀比罗宫（香川）以对本厅关于神事的做法不满为由，表明将脱离本厅。
本厅的负责人表示：“以地方小规模神社为主，要求援助的声音高涨。新冠疫情下为了维护神社信仰必须团结应对。”
